2004年11月，新政发（2004）161号文件批准四所学校（农垦中专、职工大学、商校、职业中专）合并成为石河子高等职业技术学院。
2005年5月25日，新疆生产建设兵团机构编制委员会办公室下发《关于成立新疆石河子职业技术学院的通知》兵编办发（2005）29号文件，新疆石河子职业技术学院在现石河子商业职工中等专业学校、石河子职业中等专业学校、石河子技工学校和石河子职业大学的基础上合并成立，隶属农八师石河子市，核定人员编制416名。
2013年3月7日，经农八师机构编制委员会、石河子市机构编制委员会师机编字（2013）1号批复：新疆石河子职业技术学院（石河子技师培训学院、石河子市技工学校、石河子工业学校）机构编制方案，农八师中等职业教育中心更名为石河子工业学校，核定事业编制416名。
2023年11月14日，师市党编办发（2023）33号文件批准学院事业编制740名，其中非实名编制111名。学院处级领导职数7名（2正5副，含人武部部长），科级领导职数83名（42正41副），党政管理机构10个，教学机构14个，教学辅助机构4个，群团组织2个，人民武装部1个。
